需要調整，整個工程應納稅額為負數時，應按零處理。因為目前稅務局的抵扣政策是按當前工程一定時限內（3-6個月）進行增值稅進項稅抵扣，進項稅多余，是不能退稅的，所以應該調整為0。軟件最新版本，工程概況中有個“總稅額為負時自動調零”，新建工程默認為“是”，舊工程打開后，可以切換為“是”，軟件會自動將項目中所有子目的應納稅額按零處理，各定額子目的“定額費用表”中可以看到應納稅額的調整。